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Malgré une pesanteur dix fois inférieure à celle de la Terre, Pluton possède une atmosphère ténue formée d'azote et de traces de méthane. Sa pression est de 0,015 millibar, soit 70 000 fois moins que l’atmosphère terrestre.
De récentes observations menées par Emmanuel Lellouch, de l’Observatoire de Paris, révèlent que l’atmosphère de la planète naine est plus chaude que sa surface, et que le méthane y est plus abondant que prévu.
Jusqu'à présent, en observant les passages de Pluton devant des étoiles d’arrière-plan, on avait pu étudier seulement la haute atmosphère. Les mesures du spectrographe CRIRES, sur le très grand télescope européen (VLT), au Chili, indiquent aujourd’hui la température et la pression dans les basses couches de l’atmosphère.
La température de l'atmosphère de Pluton est ainsi de – 180 °C, soit 40 degrés de plus que la surface. En outre, elle croît avec l’altitude, d'environ 3 à 15 degrés par kilomètre. Sur Terre, a contrario, la température diminue avec l’altitude, du moins dans la couche la plus basse de l'atmosphère.
Cette « inversion de température » viendrait en partie de la sublimation de la glace de surface à l’origine de l’atmosphère, ce phénomène absorbant de la chaleur de la surface.
Les observations indiquent aussi que le méthane représente jusqu’à un demi pour cent de l’atmosphère, plus qu'on ne le pensait. Il contribue sans doute à réchauffer l’atmosphère. Reste à préciser pourquoi il est présent dans l’enveloppe gazeuse de Pluton.